上智大学的研究机构分为三大部分：11个研究所、3个项目研究及19个大学内部研究分支。在这三大分支下设立的各个研究机构内开展研究活动。并且，上智大学还有致力于各种不同领域研究的附属研究机构。

研究所
基督教文化研究所
中世思想研究所
伊比利亚美洲研究所
国际交流语言研究所
全球关注问题研究所（IGC）
比较文化研究所
欧洲研究所
亚洲文化研究所
美国及加拿大研究所
地球环境研究所
媒体、文化及新闻研究所

项目研究部分
纳米技术研究中心
伊斯兰教研究中心
可持续能源研究中心

大学内研究部分
  大学内研究系统支持学科间及多学科间的学术研究。
  2014年，该分支机构由19个大学内部的合作研究项目构成。

附属研究机构
吉利支丹文库
Monumenta Nipponica 杂志
上智大学亚洲研究及人类发展中心
悲伤抚慰研究所
半导体研究所
上智大学生物伦理学研究所